积极探索以种补养、以养促种、种养结合的现代农业发展模式，为我市农村经济发展注入了新的活力。
——立体生态养鸡模式。采用EM菌技术的生态养殖方法，利用复合生物制剂发酵鸡粪喂鱼和种植蔬菜，形成了养鸡-养鱼-种菜的立体生态养殖模式，其中防城区三鑫种养殖专业合作社发展肉鸡5万羽，种养面积500多亩。
——生态循环养猪模式。采用干湿分离排污模式和雨污分离模式，将栏舍尿液和清粪污水收集后排入沼气池发酵，最后通过种植甘蔗、鱼塘养鱼消化，形成了猪-沼-蔗（鱼塘）生态循环养殖模式，其中上思绿源猪场发展生猪4600头，种养面积2500多亩。
——莲藕泥鳅生态混养模式。采用莲藕泥鳅生态混养模式，开展特色莲藕种植和泥鳅养殖生产，利用泥鳅为莲藕生长松软土质，并消化施肥料渣产生的浮游生物和害虫，既保护了莲藕又节省了饲料成本，实现了绿色立体生态养殖，其中东兴市广莲种养专业合作社发展种养面积3000亩。
——冬闲田生态养鱼模式。利用冬闲田进行水产养殖，可提高稻田利用率，增加经济收入，减少稻田病虫害，改善农业种植环境，同时又是充分利用冬春季节有限水资源实现蓄水备耕的有效途径。目前，全市发展冬闲田水产养殖面积1.27万亩。
大力推广生态健康和无公害标准化养殖，减少养殖污染排放，确保了我市自然资源保护和产业可持续发展。
——抓好对虾养殖池塘标准化改造，通过增加养殖用水净化、养殖废水沉淀等污染处理设施，有效治理养殖业污水对周边水资源环境的影响，从源头减轻养殖对海域环境的污染。
——抓好生猪规模养殖场标准化示范场创建，通过生猪规模养殖场的标准化改造，示范带动其他养猪场实行标准化改造，有效减少全市沿海地区畜牧业养殖对近岸海域环境的污染。目前，我市已通过无公害产地认证的海水养殖场约35家，认证面积达1.8万亩，建成生猪规模养殖场标准化示范场45个；完成畜禽规模化养殖污染减排45家，年内计划完成38家。
——加大农作物秸秆的开发利用力度，大力推广肉牛肉羊圈养技术，通过过腹还田，促进资源的循环利用。目前，全市发展存栏20头以上的规模养牛场108个，比上年增加51个，发展存栏50只以上的规模养羊场138个，比上年增加86个。
我市通过引导群众充分利用林地资源优势，引进龙头企业，积极推行“公司+基地+农户”的运作模式，大力发展林下养殖业，特别是林下养鸡产业，有效破解了畜禽养殖用地难的瓶颈问题。按照市政府关于加快发展现代畜牧业的意见要求，水产畜牧部门先后制定了《防城港市林下养鸡“亿元产业”工程实施方案》，确保了全市林下养鸡产业工作稳步、有序进行。截至目前，全市年出栏2000羽以上的林（蔗）下养鸡场（户）已达到353个，比2011年的82个增加了271个。预计2015年出栏肉鸡706万羽，比2011年的425万羽增加281万羽。
我市还建立了对规模化水产畜禽养殖场严格执行环境影响评价制度，加强渔业资源养护，抓好养殖污染防治工作。
一是规范规模养殖场的建设与管理，加强对养殖场、企业给予如选址、规划布局、圈舍建设、废物处理等方面的技术支持和服务，实现由乱用药型向绿色食品型转变，粗放分散型向小区集约化转变，污染型向环保型转变。二是积极开展对规模养殖场用水、无公害产地认定、产品认证，以及复查、换证进行抽样检测和审核工作，确保养殖场用水排水达标。三是在加强对北部湾近岸海域及主要入海河流水产畜禽养殖污染物排放的监督管理的同时，在沿海三市率先编制实施了《防城港市白龙珍珠湾海洋牧场示范区规划》，计划在白龙珍珠湾建设鱼礁礁体约6万空立方米，礁区海域面积约350公顷，打造全国海洋牧场示范基地。现已完成300多个鱼礁建造，放流各类苗种4400万尾（粒）。
