洪灾过后，大量畜禽因灾死亡，病原微生物在尸体上滋生，土壤中的大量病原微生物被暴露，容易污染水源等环境，夏季高温高湿，灾后各类病原微生物和媒介昆虫等繁衍孳生加快，致使畜禽感染发病及发生疫情的可能性增大。因此，灾后恢复生产首要问题是对养殖环境进行紧急消毒。
栏舍外环境消毒
应清除溺死动物尸体及污染物，清淤雨水沟、污水沟系统，保持排水畅通。应对过水地区的饲舍、周围环境、粪便及污物、杂物等彻底清理后进行全面消毒处理，消毒范围包括畜禽舍周围5米内的地面及畜禽舍外墙面。可选用2%的烧碱水、百毒杀、菌毒敌、农乐等消毒液喷雾或用生石灰或15%~20%石灰水撒播。清扫后的粪便及污物、杂物等进行堆积发酵法消毒，使用塑料薄膜将粪堆严密覆盖效果更好。栏舍内环境消毒
严格饮水、饲喂用具清洗消毒。及时清除栏舍内动物尸体、污泥、粪料及杂物，清洗消毒地面和水泥墙面，地面及墙面可用2%的烧碱水、20%的漂白粉等消毒;舍内空间可用3%的来苏儿或0.02%的过氧乙酸消毒，反复消毒2~3次。消毒后加强通风换气，待舍内清洁干燥后畜禽方可转入。要加大防鼠灭蚊灭虫工作，防止外来病菌携带式交叉感染畜禽。
消毒方法
石灰水用新鲜石灰配成10%~20%的石灰水，可用来消毒场地，粉刷棚圈墙壁、桩柱等。1公斤生石灰兑4~9公斤水，先将生石灰放在桶内，加少量水使其溶解，然后加足水量。石灰水现配现用，放置时间过长会失效。
草木灰水适用于对棚圈、用具和器械等消毒。在10公斤水中加2~3公斤新鲜草木灰，加热煮沸(或用热水浸泡3昼夜)，待草木灰水澄清后使用，将草木灰水加热后使用才有显著的消毒效果。
烧碱2%烧碱溶液可用来消毒棚圈、场地、用具和车辆等。3%~5%烧碱溶液，可消毒被炭疽芽孢污染的地面。消毒棚圈时，将畜禽赶(牵)出栏圈，经半天时间，将消毒过的饲槽、水槽、水泥地或木板地用水冲洗后，再让畜禽进圈。
过氧乙酸2%~5%过氧乙酸溶液，可喷雾消毒棚圈、场地、墙壁、用具、车船、粪便等。
复合酚复合酚100~300倍液适用于消毒畜舍、场地、污物等。
百毒杀用百毒杀3000倍稀释液喷洒、冲洗、浸渍，可用来消毒畜舍、环境、机械、器具、种蛋等。百毒杀2000倍液可用于紧急预防畜禽舍的消毒。百毒杀1~2万倍稀释液可预防储水塔、饮水器被污物堵塞，可以杀死微生物、除藻、除臭、改善水质。此外，可选用蓝光A+B、灭毒杀、杀毒霸、杀毒先锋等药品，按说明书要求配制后对环境、器械等进行消毒。
加强动物流行疫病防控
洪涝灾害后，由于环境条件的恶化，极易发生多种动物疫病，引发重大动物疫病和人畜共患病的发生和流行，给养殖业带来风险，动物食品安全带来隐患，人类身体健康带来影响。为确保大灾之后无大疫，应积极采取防控措施，避免动物流行疫病的发生。
做好重大动物疫病监测
要积极开展重大动物疫病和人畜共患病监测，全面开展重大动物疫情排查工作。重点抓好规模养殖场、养殖密集区、种畜禽场、活畜禽交易市场、野生动物驯养场的疫情排查，一旦发现异常情况，要按动物疫情报告规定的程序和内容上报疫情，并采样送检。出现异常的畜禽要立即采用有效措施进行隔离、治疗，甚至扑杀处理。
强化动物检疫监督
灾后畜禽补栏需求旺盛，稍有不慎，就可能引入疫病，灾区要进一步加强产地检疫和屠宰检疫，规范检疫出证行为。应加大对饲养、屠宰、运输等环节的监督管理，依法严肃处理抗拒检疫和运输、加工、经营未经检疫的畜禽及其产品等行为，严厉打击贩卖病死动物及其产品的行为，严防病死畜禽流出养殖场、杜绝流入加工、销售环节。
加强动物免疫
应根据本地前期免疫工作进度，结合灾后实际情况和动物免疫抗体监测结果，对尚未免疫或抗体不达标的畜禽，督促实施补免和紧急免疫。严格执行强制免疫措施。必要时对牲畜口蹄疫、猪瘟、猪链球菌、禽流感等动物疫病进行一次紧急免疫，确保免疫密度，提高免疫保护水平，预防灾后动物疫病和人畜共患病暴发流行，确保大灾过后不发生次生灾害。
灾后恢复生产
为促进畜牧业健康发展，确保大灾之后将损失降到最低，养殖场要积极采取措施，及时修复养殖设施，改善饲养环境，加强灾后技术管理，从科学养殖入手，做好灾后生产自救。
及时修复养殖设施
受灾养殖场(户)要尽快转移家畜，修复已损坏或倒塌的栏舍、水电和粪便处理等设施设备。对因灾损坏严重的栏舍，要抓紧修复，若原栏舍选址不当或难以抵抗自然灾害的，需异地再建，宜选择地势较高、地质稳定、通风向阳、排水方便、远离保护水源、干线公路、工厂、居民聚集的地方。栏舍再建或修复要特别注意畜舍的坚固性，防止栏舍倒塌造成家畜死伤。修建畜舍要采用隔热材料，注意通风。同时兼顾冬季保暖设施建设，可设置易拆卸的挡风保暖材料，如草帘、塑料布帘或帆布帘等。及时清除家畜舍内动物尸体、污泥、粪料及杂物，消除隐患，为灾后恢复生产提供保障。
灾后气候高温湿热，要注意防暑降温，保持家畜栏舍内卫生，定期杀蚊灭蝇及灭鼠，及时清理粪尿，保持家畜栏舍内安静，创造良好的饲养环境。要对家畜栏舍通风引流，及时清理或深挖栏舍周边的排水沟，幼家畜舍铺设干燥的木垫板或用火炉烤干，将舍内水汽排出，使家畜特别是幼家畜远离潮湿地面，预防小猪腹泻病等。注意饮水安全
水灾后受到污染的家畜饮水器、水槽、食槽等要通过清洗、消毒后方可再次使用。被洪水污染的井水或江河天然水不能直接使用，应先使用明矾等对其进行沉淀处理，再用消毒剂如漂白粉、百毒杀等进行消毒，或通过煮沸的方法直接进行杀菌消毒后方可饮用。
饲料要注意干燥清洁，饲料贮存间要通风透气，一定不要潮湿，堆放的饲料要离地面高些，需暂时贮存的饲料也可均匀加入防霉剂进行防霉。适当增喂一些复合多维、电解质、微生态制剂及免疫增强剂等，以增强家畜机体的抗应激能力和抵抗力。饲料应尽量现配现用，禁止饲喂已受潮发霉的饲料，以防霉菌毒素中毒。在每吨配合饲料中加入0.5公斤克霉净，可使饲料2个月不霉变结块。
灾后要特别注意给家畜增加精饲料喂量，少添勤喂，以防剩料过夜后发生霉变。合理搭配青、精、粗饲料，日粮组成尽量营养全面，提高饲料的营养成分，增加蛋白质含量。可适当增喂一些复合多维，如维生素B、维生素C、维生素E和亚硒酸钠、电解质、微生态制剂及免疫增强剂(如黄芪多糖)等，以增强机体的抗应激能力和抵抗力。如牛羊可多喂能量含量较高的玉米、麦(麸)等谷物饲料，饲喂优质青贮饲料，使膘情和体质尽快恢复，防止妊娠母畜流产。为清凉解暑，可在饲料中添加一些新鲜蔬菜、西瓜皮等，避免家畜过量饮水导致体液代谢紊乱。
灾后日常饲养管理
栏舍倒塌严重的养殖场要合理调控饲养密度，避免因养殖场地减少而高密度饲养影响家畜正常生长。商品家畜达到出栏标准的要尽快出栏，及时淘汰低龄、体弱、伤残、病情严重的家畜，降低饲养成本。做好母畜的保胎，肌肉注射黄体胴，加强仔家畜的保育工作。对已流产的母畜，要增加营养，及时改良配种。因灾延误配种的家畜，要抓紧补
禽舍消毒灭源
要彻底打扫禽舍，用清水反复冲洗地面、墙壁、养殖架和鸡笼等上面的粪便和污泥，将清洗好的用具搬到室外，在阳光下暴晒3~4天，用2%烧碱液或10%生石灰加1%烧碱混合液喷洒墙壁、地面、禽舍空间、鸡笼和其他用具进行消毒;也可喷洒3%来苏尔或0.02%~0.03%过氧乙酸液等后密封禽舍消毒1~2天。禽舍四周和禽舍外墙面也要彻底清扫，将禽粪等污物运至距禽舍250~500米外深埋、焚烧或堆积密封发酵进行无害化处理。禽舍四周和外墙面清扫后及时喷洒2%~3%烧碱液或0.02%~0.03%过氧乙酸液等消毒。清扫、冲洗和消毒必须周到、仔细，做到不留死角。
接种补种疫苗
洪水中混有许多种使家禽致病的病原物，极易引起新城疫、禽流感、禽霍乱和禽大肠杆菌病等疾病的发生，疫苗接种或补种应在家禽重新入舍之前做好;接种要严格按操作规程进行，做到不漏舍(笼)、不漏禽、不空针和按量注射疫(菌)苗。2月龄以上鸡群可皮下或肌肉注射鸡新城疫I系苗0.1毫升;2月龄以内的鸡群可按说明书方法采用饮水、点眼、滴鼻免疫，加倍量紧急接种鸡新城疫IV系苗。洪水若发生在气温比较低的时候，就应对禽群接种相应病毒株型禽流感油乳剂灭活疫苗，方法是一次性肌肉注射，2月龄以上鸡接种0.5毫升，2月龄以下鸡0.25毫升，鸭1毫升，鹅2毫升。为防禽群洪灾后发生大肠杆菌病和禽霍乱等，可按0.02%的比例在饮水中加入敌菌净，连用3天;或按饲料的0.02%～0.06%拌入土霉素、金霉素等，连用3～4天。此外，在饲料中添加亚硒酸钠(肉鸡、雏鸡1000公斤饲料拌入150毫克;育成鸡、产蛋鸡、种母鸡1000公斤饲料拌入100毫克)和维生素E(1000公斤鸡饲料拌入5～8克)等，可显著提高家禽的免疫力。
保证清洁饮水
洪灾过后水源污染严重，很难找到清洁饮水，这也是造成洪灾后家禽疫病暴发的重要原因之一。
为保证家禽能饮用到干净水，家禽少时可采用水烧开后待凉再饮的方法，也可用2.75%百菌消按1∶500或25%漂白粉每1000升水中加入7~10克等进行饮水消毒，有很好的防控疫病效果。在饮水消毒的同时，每天还要对饮水器和水槽等消毒1次。为增强家禽的体质，提高抗病力，可按说明书在饮水中加入速补-18或速补-14等。
病死动物无害化处理
设施设备
根据死亡动物处理数量大小，准备好作业工具，如卡车(可考虑底层接触面铺垫塑料薄膜)、拖拉机、挖掘机、推土机、装卸工具、动物尸体密封装运袋等。运输车辆应防止体液渗漏，接触面应易于反复清洗消毒。
病死动物运输
将病死动物装入密封袋，运输车辆密闭防渗，车辆和相关运输设施离开时应进行消毒。动物尸体不得与食品、活动物同车运送。
掩埋点选择
有足够封土掩盖，土壤渗透性不高，如土壤渗透性较高，掩埋点坑底至少高于地下水位1米，与江河、湖泊、池塘、井水等水体相距100～150米，应距离居民区至少100米，避开洪水经常冲刷之地和岩石层。在特定情况下，饲养场可考虑就地掩埋，零散家禽等小动物可掩埋在树根下等地方。
