1、废水的再利用
肉羊养殖过程中产生的废水，包括清洗羊体和饲养场地、器具产生的废水。废水不得排入敏感水域和有特殊功能的水域，应坚持种养结合的原则，经无害化处理后尽量充分还田，实现废水资源化利用。养殖场与农田之间应建立有效的污水输送网络，严格控制废水输送沿途的弃、撒、跑、冒、滴、漏。
2、粪便的无害化处理
为了防止粪便污染环境，充分利用粪便中丰富的营养和能量资源，应当采用干燥或发酵等方法对羊粪进行无害化处理。
粪便发酵处理时，可利用各种微生物的活动来分解羊粪中的有机成分，从而有效地提高这些有机物的利用率。在发酵过程中形成的特殊理化环境也可杀死粪便中的病原菌和一些虫卵。根据发酵过程中依靠的主要微生物种类不同，可分为充氧动态发酵、堆肥发酵和沼气发酵。堆肥是以粪便为原料的好氧性高温堆肥，处理后的粪便可作优质的有机肥用于饲料和牧草等种植生产中。沼气发酵是以粪便为原料，在密闭、厌氧条件下的厌氧性消化，产生的沼气可供羊场使用。
3、病死羊尸体的无害化处理
病死羊尸体含有大量病原体，只有及时经无害化处理，才能防止各种疫病的传播与流行。严禁随意丢弃、出售或作为饲料。根据疾病种类和性质不同，按《畜禽病害肉尸及其产品无害化处理规程》( GB16458 )规定，采用适宜方法处理病死羊尸体。
3.1销毁
将病羊尸体用密闭的容器运送到指定地点焚毁或深埋。对危险较大的传染病（如炭疽、气肿疽等）的羊的尸体，应采用焚烧炉焚毁。对焚烧产生的烟气应采取有效的净化措施，防止烟尘、一氧化碳、恶臭等对周围大气环境造成污染。
不具备焚烧条件的养殖场应设置2个以上安全填埋井。填埋井应为混凝土结构，深度大于3米，直径l米，井口加盖密封。进行填埋时，在每次投入病羊尸体后，应覆盖厚度大于10厘米的熟石灰。井填满后，须用粘土压实并封口。或者选择干燥、地势较高，距离住宅、道路、水井、河流及羊场或牧场较远的指定地点，挖深坑掩埋病羊尸体。
3.2化制
将病羊尸体在指定的化制站加工处理。可以将其投入干化机化制，或将整个尸体投入湿化机化制。
