氧化是导致饲料变质的主要化学过程。在饲料原料和成品饲料内，许多难以控制的氧化反应，通常称之为自动氧化，会导致重要分子的破坏、产生恶臭和氧化应激，最终影响饲料采食量、动物健康和生产性能。
饲料脂肪成分的自动氧化是降低饲料品质的一个主要原因，影响饲料的营养价值、口感、风味、颜色和质地，因此在饲料原料的储藏和动物饲料的加工过程中，必须要防止氧化。饲料自动氧化所产生的问题与危险可能会同氧化应激相混淆，这些将在第七章做进一步讨论。
饲料品质重点关注的是避免任何有毒有害成分污染、避免氧化、避免产生臭味、避免霉菌和细菌的污染及昆虫袭扰。昆虫活动和霉菌污染都可能导致饲料干物质和营养价值的降低，进一步导致霉菌毒素的产生。昆虫活动最糟糕的情况是完全破坏饲料原料。
在大多数饲料原料或成品饲料中，细菌活动不是非常重要，因为这些物质太千燥而不能维持细菌的生长。但是致病菌能在饲料里幸存，它们会成为采食此种饲料动物的感染源。许多国家包括欧盟的所有成员国，由致病微生物如沙门氏菌、梭菌污染的饲料也受法律管制。
