饲料的防霉是从根本上解决霉菌毒素产生的有效途径。应从以下几方面着手：
首先，必须严格控制原料水分，一般要求玉米、高粱、稻谷等不超过14%；大豆及其饼粕、麦类、次粉、糖麸类。甘薯干、木薯干不超过13%；棉籽饼粕、菜籽饼粕、向日葵仁饼粕、亚麻仁饼粕、花生仁饼粕、鱼粉、骨粉及肉骨粉不超过12%。
其次，要保持饲料原料的新鲜程度。
再次，应控制饲料加工过程中的水分和温度，最好应用HACCP质量检测系统。，由于霉菌更易在被破坏的或已加工的谷物上生长，所以这一过程显得尤为重要。
最后，可应用饲料防霉剂。以丙酸及其盐类为主要成分的产品在抑制霉菌生长上是非常有效的，现在多采用由多种由机酸防霉剂按一定比例配合而成的复合型防毒剂，以增加防霉效果。除此以外。美国农业部（USDA）的研究者们正在培育能够抵抗黄曲霉毒素的玉米新品种，但商业化向市场推广还需要一定的时间。
2. 霉变饲料的处理与利用
霉菌毒素污染严重的饲料，应该废弃。对于轻度污染的饲料，经适当的处理后可以达到饲用标准的，仍可利用。
2.1分离与混合法脱毒
降低或消除霉菌污染的最常用的方法是将被霉菌污染的籽实分离出来。另一种办法是将已被霉菌毒素污染的饲料用未污染饲料混合稀释。用上述方法都需要耗费大量的时间和劳力，当污染较普遍时，此种方法收效甚微。
2.2利用饲料吸附剂脱毒
一些矿物质能够吸附并捕获霉菌毒素分子。如硅酸铝盐、沸石、膨润土、活性炭、硅藻土等。Jindal等（1994）研究发现：在含有500μg/kg黄曲霉毒素B1的鸡饲料中添加 200mg/kg的活性炭，对于减少毒素的有害影响颇为有效。此外，国外大量报道，添加水合铝硅酸钠钙（HSCAS）可显著减轻霉菌毒素的有害影响，但大量添加这类吸附剂会降低养分浓度。
2.3利用蛋氨酸脱毒
肝脏能够净化被动物吸收的霉菌毒素，此净化的过程基于谷胱甘肽的的氧化还原反应，而蛋氨酸有利于谷胱甘肽的组成，因而额外添加蛋氨酸可以减少对动物生长和其他性能产生的不利作用。
2.4酵母菌细胞壁制剂脱毒
利用酵母菌细胞壁特有的吸咐能力来稀释某些霉菌毒素，一般常用酵母菌为 Saccha-romyces cerevisiae种1026（Yea-Sacc）。实验室测定结果显示。在悬滴反应中有90%以上的黄曲霉素素结合在酵母菌细胞壁上。利用由酵母菌细胞壁提炼而成的配制有机吸附剂，可能会在控制动物饲料中霉菌毒素上成为一个重要的手段。
现有研究结果表明，从酵母细胞壁提取酯化葡甘露聚糖物质（Esterified glucomannans）是一种较好的霉菌毒素结合剂。它较活性炭或水合铝硅酸钠钙（HSCAS）对霉菌毒素有更强的专一亲和性，所以对矿物质代谢的干扰作用不显著。Diaz等（1999）在奶牛的精料混合料中添加 500g/t的酯化葡甘露聚精物质可以使牛奶中的黄曲需毒素水平下降。
2.5 酶制剂的应用
采用酶制剂来分解霉菌毒素是一项新的技术。基于大多数霉菌毒素易于在肝脏中被微粒体氧化而分解，可以采用能增强霉菌毒素代谢中酶的活性的制剂，加快毒素的分解，从而减轻毒素的危害。如酯酶能够破坏玉米赤霉烯酮的内酯环，而环氧酶能分解单端孢霉毒素的12和 13环氧基。
