首先，原料供应面临断档和成本上升之苦。
目前，东北及内地农户和贸易商手中余粮所剩无几，玉米深加工企业很难从市场上采购到的足够的生产原料，绝大部分企业的原料主要来源于国储与地储玉米的轮换，但这部分玉米数量有限。
近日，虽然有关机构面向市场定向销售了200万吨左右的超期储存与婶?囤储存的玉米，但这部分玉米质量偏差，加上定向销售前不公布储存库点，以及不安排时间让竞卖的企业验看待拍的玉米质量，很多深加工企业并不能竞买到合适的玉米。更为重要的是，山东、河南及南方部分地区同类的玉米数量有限，加上成交率很高，很快这类玉米的供应也会中断。未来很多地区尤其是内地玉米深加工企业很可能会处在“巧妇难为无米之炊”境地。
由于供应不断趋紧，玉米深加工企业只有抬价采购，这造成国内玉米期货价格出现了同步上涨，部分企业虽然通过在玉米期货市场进行买入套保操作规避了价格上涨风险，但终究无法解决原料采购困难的问题。而没有进行类似期现货结合套保操作的企业更是苦不堪言，将面临生产成本上升和原料供应随时可能断档的双重压力。当前玉米深加工企业十分希望大量的政策性库存玉米入市。
其次，玉米深加工企业生存环境存在较大差异，生存环境差的企业担心“掉队”。
“吉林省内的玉米深加工企业日子比我们过得好，人家有当地政府的扶持。”在黑龙江等地的玉米深加工企业采访时记者经常可以听到这样的话。据记者了解，针对近年来玉米深加工企业所面临的各种困难，吉林省有关机构从各方面给予了大力扶持，突出的表现是对采购当地产玉米的企业进行财政补贴，如从去年10月1日至今年6月30日，吉林省有关部门对采购当地产玉米的企业会给予150元/吨的补贴，折合到玉米淀粉的生产成本上，就是降低了200元/吨左右，这不仅让吉林省内的玉米深加工企业有钱赚，而且也增加了这些企业产品的市场竞争力。
从全国范围来看，东北地区的玉米深加工企业又与内地的企业有着不同的生存环境，如全国玉米深加工企业产品的销售市场是一样的，政策性库存玉米拍卖底价全国基本是一致的，但产品运到销售市场的运费却是存在很大差异的。在东北地区的部分玉米深加工企业记者发现，把生产出来的淀粉运往内地销售，光运费每吨就要200多元。
由于生存环境不同，很多生存环境不佳的玉米深加工企业担心在市场竞争中会败下阵来，也担心这会影响玉米产业的合理布局。
